Bij Alberdingk Thijm Scholen is de wettelijk verplichte medezeggenschap geregeld in een Instituutsmedezeggenschapsraad (IMR). In deze raad wordt personeelsleden, ouders en leerlingen een advies- dan wel instemmingsrecht gegeven aangaande instituutsbrede zaken. Het Alberdingk Thijm College wordt vertegenwoordigd door twee personeelsleden, een ouder en een leerling.

Het Alberdingk Thijm College kent een deelraad (DMR) waar­in de vestigingspecifieke zaken, zoals het beleid van de school, de onderwijskundige visie en onderwijskundige keuzes van de school worden besproken. De DMR bestaat uit vier personeelsleden, twee leerlingen en twee ouders.